合肥海关技术中心是中编办批准成立的事业法人单位。下辖3个*重点实验室、1 个安徽省级重点实验室、2个区域中心实验室和3个常规实验室，搭建了覆盖了食品安全、动植物检疫安全、工业消费品安全等的检测平台。
中心拥有一支素质高、技术精的专业技术队伍，现有工作人员90人，核心团队本科以上学历超过90%，硕士以上学历超过60%，其中博士3人。实验室总面积8000余平方米。配备具有国际先进水平的仪器设备1000余台套，价值超过1亿元。包括居于世界先进水平的检测设备：液相色谱三重四极杆串联质谱仪、液相色谱-飞行时间质谱仪、等离子光谱质谱仪、同位素质谱仪、快速微生物鉴定质谱仪、大容量棉花测试仪等。
取得国家认监委检验检测机构资质认定（CMA）和国家认可委实验室认可（CNAS）、ilac-MRA国际互认。同时还是：国际羽绒羽毛局（IDFB）认可实验室；欧盟茶叶协会认可实验室；国家认监委、卫生部和农业部批准的首批食品检测复检机构。
是合肥海关执法的法定技术检测单位，为出入境安全、卫生、健康、环保、反欺诈执法提供技术支撑，承担检验检疫实验室检测、隔离检疫、研究咨询与检疫风险分析；承担科研与技术开发、开展有关检验检疫方法标准的制（修）订及对外技术合作与交流；承担社会委托检验、鉴定、服务；承担对各分中心的业务指导等工作。
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